1921. november 4-én nyílt meg a Debreceni Tisza István Tudományegyetem Orvosi Fakultása, ahol az urológiai betegek ellátása a Hüttl Tivadar által vezetett Sebészeti Klinikán történt. Itt az urológiai betegek ellátását elsősorban az urológia mellett elkötelezett orvosok végezték. 1947-ig Jáki Gyula professzor, majd ezt követően Görög Pál, utána Gombkötő Béla voltak azok, akik az urológiai sebészettel foglalkoztak. Érdeklődésük előterében állt a kiválasztásos urográfia szerepe a vesefunkció megítélésében, a vese tuberkulózis, a policisztás vesedaganat felismerése, a vesekő képződésének folyamata. Az osztályon dolgozók közül később főorvosi kinevezést kapott Noszkay Aurél, Mándi István, Mohácsi László.

A klinika alapjai 1958-ban körvonalazódtak, amikor Kelenhegyi Márton docens vezetésével önálló urológiai osztály és járóbeteg szakrendelés kezdte meg működését az I.sz. Sebészeti Klinikán, majd 1972-ben már a jelenlegi helyére, a volt II.sz. Sebészeti Klinika épületébe költözött az urológiai részleg. Az osztályon 1960-ban a vesedaganatok és retroperitoneális daganatok diagnosztikájában bevezetésre került az aortográfia, a szelektív renális angiográfia, kavográfia. A hólyagdaganatok stádiumának megítélésére a parieto-tomográfiát, a kettős kontraszt cisztográfiát, a pelvikus arteriográfiát elsőként alkalmazták

Az önálló Urológiai Klinika 1974. július 1-én alakult meg Kelenhegyi Márton professzor vezetésével.  Ebben az időszakban a húgyúti köves és daganatos betegek ellátásán túl a klinika kiemelt feladata volt az urogenitális tuberkulózisban szenvedő betegek komplex kezelése, továbbá aktív gyermekurológiai tevékenység is folyt. Az ureterkövek eltávolítására Kelenhegyi Márton vezette be és munkatársaival együtt sikeresen alkalmazta a Zeiss-hurkot, a spontán kőeltávolítás elősegítésére pedig a novokainos infúziót. Tudományos munkássága a pyelonephritis patomechanizmusának kísérletes és klinikai vizsgálata volt, de foglalkozott a vesekő képződésének kutatásával is. A krónikus művese kezelési programban az I. sz. Belgyógyászati Klinikával együttműködve az osztály orvosai készítették az arterio-venosus fisztulákat.

A kitűnő iskolát végzett, már fiatalon is vezető beosztásokba kerülő Pintér Józsefet, az orvostudományok doktorát 1979. január 15-én nevezték ki a Debreceni Orvostudományi Egyetem Urológiai Klinikájának intézetigazgató professzorává, melyet 1995-ig vezetett . Ez volt életének legtermékenyebb, leggyümölcsözőbb szakasza, energikusan, céltudatosan látta el munkakörét, tanította a fiatalokat.

Ekkor az urológiai diagnosztika ultrahang vizsgálattal, komputertomográfiával bővült, bevezették az enzim- és tumormarkerek vizsgálatát. Pintér professzor klinikai és tudományos munkássága az urogenitális daganatok sebészi és komplex kezelésére koncentrált. Az újabb műtéti technikák, az ablasztikus radikális nephrectomia alkalmazása, az új behatolási módok keresése mind-mind a jobb eredmények elérését célozták a betegek számára. A húgyhólyag daganatok esetében a radikális műtétek számának emelésével, hazánkban kevésbé vagy egyáltalán nem alkalmazott deviációs módszerek megismertetésében vezető szerepet játszott munkatársaival együtt. Az országban az elsők között volt a heredaganat miatti retroperitonealis lymphadenectomia bevezetésében. Együttműködésre törekedett az onkológus szakemberekkel, felismerve, hogy a daganatsebészet csak az első, bár igen fontos lépcsője a beteg teljes gyógyulásának, de a komplex onkológiai ellátás nem nélkülözhető. Az urológiai sebészet más területein is jelentős előrelépések történtek, bevezették a vesekövek perkután eltávolításának módszerét, megkezdődött a vesekövek testen kívülről történő zúzása, az ESWL kezelés is. A vesekő profilaxishoz kőanalítikai centrumot szerveztek. A klinikai gyógyító munkától elindulva a veseüregrendszeri helyreállató műtétek, valamint a hypothermiában végzett műtétek eredményességének megítélésére kísérletes vizsgálatok történtek. Igen széles körű volt a gyermekurológiai sebészi tevékenység is, mely a szervmegtartó műtéti eljárások alkalmazásával bővült Szokoly Viktor docens vezetésével.

Klinikai munkássága mellett ugyanolyan fontosnak érezte, hogy a saját maga és munkatársai tudományos munkája során elért eredményeit, tapasztalatait, kétségeit minden urológussal megosszák. Így jelentette meg 1980-ban a „Prostata hyperplasia”, majd 1984-ben a „Prosztatarák” című könyveket. 1987-ben megjelent a Pintér József által szerkesztett, „Az urológiai rosszindulatú daganatok”, továbbá 1988-ban kiadásra került a „Rekonstrukciós műtétek az urológiában” című könyv is. A graduális képzést segítendő, 1986-ban és 1996-ban az orvostanhallgatók számára új egyetemi tankönyvet szerkesztett.

A klinika tudományos tevékenységét 121 közlemény jelzi. A klinika nyolc munkatársa védte meg kandidátusi disszertációját, onkológus szakvizsga született, többen pedig vezető beosztásba kerültek urológiai osztályokon.

1989-ben az új célkitűzésekkel, új szemlélettel induló „Magyar Urológia” alapító főszerkesztője lett. Egy perióduson keresztül a Magyar Urológusok Társaságának elnöke, nyolc éven keresztül a Szakmai Kollégium elnöke volt. Az Országos Urológiai Intézet igazgatójaként elsőként szervezete meg a sebészi szakmák közül az urológiai statisztikai adatgyűjtést, a szakma jövőjének érdekében javasolta és előkészítette a szakorvosképzés reformját, segítőivel kidolgozta a szakma jó néhány módszertani ajánlását, összeállította a szakmai minimum feltételek követelményrendszerét.

Pintér professzor nevét és a klinika munkásságát nem csak Magyarországon, hanem a határokon túl is ismerték, elismerték. Ezt a nemzetközi elismertséget jelezte az is, hogy az 1979-ben Debrecenben megtartott V. Magyar Urológus Kongresszuson 329 résztvevő között 68 külföldi vendéget is fogadtak.

1995. július 1-től Tóth Csabát, az orvostudomány doktorát hívta meg a Debreceni Orvostudományi Egyetem rektora, és nevezte ki az Urológiai Klinika igazgató egyetemi tanárává. Tóth Professzornak fokozatosan sikerült a Bugyi István iskola alapelveit és gyakorlatát a debreceni Urológiai Klinikán is meghonosítania, ami a feltárásos operatív urológia elengedhetetlen része volt. Korábbi nagy tapasztalatával, gyakorlatával jelentősen javította és magas színvonalra emelte a klinika endourológiai műtéti tevékenységét, országosan is magas szintű, korszerű ellátást tudott biztosítani. A radikális nephrectomiákat sikerrel kiterjesztették olyan esetekre is, amelyekben a tumortrombus a szív jobb pitvaráig is elért. Mellékvese tumorok, retroperitoneális tumorok eltávolítását rendszeresen végezték. Nevéhez kötődik a radikális perineális prostatectomiák és több laparoszkópos műtét hazai, rutinszerű bevezetése. A bonyolult vesekövek, korallkövek eltávolítására kombinált perkután és extrakorporális zúzást alkalmaztak, miután saját vesekőzúzó berendezést kaptak, amely a nap 24 órájában a betegek rendelkezésére állt. Az inkontinens betegek ellátására bevezették az urodinámiás vizsgálatokat és – az országban elsőként - az elektromágneses kezelést. Szervezetté vált az andrológiai tevékenység kollaborálva a szülészettel. A gyermekek vese és ureter endourológiai ellátását egyedüliként végezte az országban. Nevéhez kötődik a mini-perkután műtétek és a perkután ureterolitotómia bevezetése, amely nemzetközi visszhangot kapott. Egy új lézerkészülékkel kibővültek a lézer-műtétek indikációi. Jelentős lépése volt a laparoszkópos készlet vásárlása, mellyel a klinikán új fejezet kezdődött az urológiai műtéti ellátásban. A gyógyító munka színvonalának emeléséhez alapvető követelmény volt az aneszteziológiai ellátás sikeres megszervezése.

2000-ben zsilipelt, légkondicionált műtőt és kiszolgálóhelyiségeket, az osztályon túlnyomó többségben kétágyas fürdőszobás kórtermeket alakítottak ki. Az vesekőzúzó berendezést is átépített, korszerű részlegbe telepítették. 1995 után vezetésével tízen szereztek tudományos minősítést, ketten európai szakvizsgát tettek. Habilitált Varga Attila és Holman Endre, Flaskó Tibor egyetemi docens, Holman Endre címzetes egyetemi docens lett. Tóth professzor nagy hangsúlyt fektetett a szakdolgozók képzésére, így többen főiskolai diplomát szereztek, továbbá több alkalommal igen sikeres országos szakdolgozói konferenciát szervezett.

Tóth Csaba professzort 1998-ban a Süd-Ost Deutsche Gesellschaft für Urologie és a Román Endourológus Társaság tiszteletbeli tagjává választották. 1998-tól a Central European Association of Urology társelnöke, egy periódusban a Magyar Urológusok Társaságának elnöke. 2000-ben a Nagyváradi Egyetem társprofesszorává nevezték ki. Tóth Csaba professzornak 1996-ban „Endourológia” című egyetemi jegyzete jelent meg. 1997-ben angol nyelven adták ki az „Endoscopos vesekősebészet” című könyvét, 1998-tól az „Endoscopia és Minimálisan Invazív Terápia” című folyóirat alapító főszerkesztője. 2001-ben jelent meg az „Urológia színes atlasza” című könyv, amely az orvostanhallgatók alapműve lett, majd ezt a „Sürgősségi ellátás az urológiában” és az „Urológia” egyetemi tankönyv követte. A klinika oktató tevékenységében a beteggel való közvetlen kapcsolatra, a betegvizsgálatra, a gyógykezelésre helyezték a hangsúlyt, az előadásokat színes diavetítéssel, video bemutatókkal tették élvezetessé. 2010-benTóth Csaba professor emeritus címet kapott.

2006. július 1-jétől Flaskó Tibor egyetemi docens lett a klinika igazgatója. Vezetésével a klinika munkatársai az elődei által meghonosított műtéttípusokat továbbra is rendszeresen végzik, de számos új műtéttípust is bevezetett. Az urológiai laparoszkópia teljes palettáját műveli, elsőként végzett hazánkban laparoszkópos radikális prosztatektómiát és laparoszkópos radikális cisztektómiát. A fenti műtéteken kívül ma a klinikán nagy számban történik laparoszkópos vesetumor reszekció, nefrektómia, pielonplasztika, veseciszta reszekció, húgyhólyag divertikulektómia. A Gyermekklinika gyermeksebészeti részlegével karöltve rendszeresen végez gyermekeken is endoszkópos műtétet. A laparoszkópos műtétek mellett meghonosította a klinikán a merevedési zavar miatti péniszprotézis implantációt; a vizeletinkontinencia miatti műszfinkter beültetést és hálóműtéteket; a húgycsőszűkület miatti húgycsőplasztikát. A húgyúti kövek endoszkópos kezelése, mint a klinika egyik fő profilja, továbbra is megmaradt. Perkután veseműtétek, ureterorenoszkópos műtétek történnek a legmodernebb ultrahangos és pneumatikus kőzúzó berendezéssel és Holmium:YAG típusú lézer berendezéssel is. A hólyagtumorok radikális műtéteiben és a vizeletdeviációs műtétekben is helyet kapott a laparoszkópia.

Vezetése alatt az intézet minden részlegének korszerűsítése megtörtént, így a döntően kétágyas kórtermek mindegyike rendelkezik fürdőszobával. Külön endoszkópos helységet alakítottak ki a hólyagtükrözések, prosztata biopsziák és urodinámiás vizsgálatok elvégzéséhez. Új ESWL kőzúzó berendezéssel történik a vesekő kezelés, emellett új EXMI készülék áll rendelkezésre a vizeletinkontinencia fizioterápiás kezelésére. 2009-ben Varga Attila irányításával Andrológiai Centrum alakult a klinikán. Három andrológus műveli a férfigyógyászat széles spektrumát szoros együttműködésben más hazai andrológiai centrumokkal és asszisztált reprodukciós központokkal. Az andrológiai mikrosebészeti műtétek 2013-ban kerültek bevezetésre Dr. Benyó Mátyás által. 2010-ben harmadik alkalommal került megrendezésre Debrecenben a Magyar Urológusok Társaságának Kongresszusa. A hazai és nemzetközi szakmabeliek előadásait, valamint a bemutatóműtéteket nagy érdeklődés övezte. A klinika magyar és angol nyelvű graduális és posztgraduális oktatást is végez. A tananyag elméleti részének átadása mellett változatlanul kiemelt hangsúlyt kap a gyakorlati oktatás.